養殖污水由養殖場出來后流經格柵、格網，除去大部分體積較大的雜物后，進入沼氣池。在沼氣池內，有機物在厭氧條件下進行水解，由生物難降解的高分子有機物轉變成生物易降解的小分子有機物，以便后續工藝處理。
養殖污水經過調節池后，由提升泵送入水解酸化池，酸化水解池采用升流式慶氧污泥反應床形式(UASB反應池)同時由接觸氧化池回流至此的混合液在此反硝化菌作用下進行反硝化，達到生物脫氮的目的，養殖污水進入接觸氧化池進一步降解有機物且大量除磷。